Vérifier si la valeur existe dans mysql

Comme d'autres l'ont dit, vous devriez vraiment utiliser PDO. Mais, pour répondre à votre question, mysql_num_rows est votre solution.

$query = mysql_query("SELECT * FROM products WHERE code='$line_of_data[0]' AND alert_quantity = '$line_of_data[1]'") or die(mysql_error());

if (mysql_num_rows($query))
// Data is already in database
else
// Data not in database