Utilisez lsof -i TCP:3306 ou netstat -lp | grep 3306 pour savoir ce qui écoute déjà sur le port 3306 - quelque chose doit être en train d'écouter dessus.
Vous pouvez envisager de démarrer le serveur sur un port différent (éditez my.cnf et changez le port par défaut ici).
Vous devrez peut-être l'exécuter en tant que root, c'est-à-dire sudo lsof -i TCP:3306