Comme indiqué ici par un membre de l'équipe de documentation MySQL :
It's not atomic. The records loaded prior to the error will be in the
table.
La solution consiste à importer des données dans une table dédiée, puis à exécuter INSERT INTO ... SELECT ...
qui sera une opération atomique. Sur d'énormes ensembles de données, il s'agit d'un problème potentiel en raison d'une longue transaction.