La façon la plus simple de le faire est probablement de désactiver les vérifications de clé étrangère, puis de tronquer les tables. Les clés étrangères étant désactivées, l'ordre dans lequel vous tronquez les tables n'a pas d'importance.
set foreign_key_checks = 0;
truncate table parent;
truncate table child;
truncate table ...
Vous pouvez même utiliser information_schema pour générer les instructions de troncation de table pour vous. Quelque chose comme ça :
select concat('truncate table ',table_schema,'.',table_name,';') as sql_stmt
from information_schema.tables
where table_schema = 'your_schema_name'
and table_type = 'base table';
