Modifiez votre fichier /etc/mysql/my.cnf et assurez-vous d'allouer suffisamment de mémoire au pool de mémoire tampon InnoDB. S'il s'agit d'un serveur dédié, vous pourriez probablement utiliser jusqu'à 80 % de la mémoire de votre système.
# Provide a buffer pool for InnoDB - up to 80% of memory for a dedicated database server
innodb_buffer_pool_size=614M
Les clés primaires sont des arbres B, donc les insertions prendront toujours du temps O (logN) et une fois que vous n'aurez plus de cache, elles commenceront à s'échanger comme des fous. Lorsque cela se produit, vous souhaiterez probablement partitionner les données pour maintenir la vitesse d'insertion. Voir http://dev.mysql.com/doc/refman/ 5.1/fr/partitionnement.html pour plus d'informations sur le partitionnement.
Bonne chance !