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comment enregistrer les tags (mots clés) dans la base de données ?

Je dirais probablement ni l'un ni l'autre. Utilisez une relation plusieurs-à-plusieurs entre les balises et l'objet balisé. Par exemple, si l'élément marqué est une question, les tableaux pourraient ressembler à ceci :

Question:
    QuestionId
    Title
    Body

Tag:
    TagId
    Name

QuestionTags:
    QuestionId
    TagId