La commande suivante a fonctionné pour moi sous Windows :
C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\bin>mysql_upgrade.exe -u root -p --force
Si le mot de passe root n'est pas défini, vous devrez peut-être le faire avant d'exécuter la commande ci-dessus :
mysql> SET PASSWORD FOR 'root'@'localhost' =PASSWORD('something');