Vous avez de gros ennuis...
Par défaut, ibdata1 contient toutes les données de la table (et est donc perdue). Même si vous le configurez pour utiliser un fichier séparé par table, toutes les données internes de MySQL sont stockées dans ce fichier, et pour autant que je sache, il n'y a aucun moyen de les restaurer.
J'espère vraiment que vous avez une sauvegarde...
