Cela devrait être
$stmt = $mydb->prepare("DELETE FROM messages WHERE from_user = ? AND id = ? ");
Et j'apprécierai d'utiliser mysqli_* fonctions au lieu de mysql_* obsolète
De plus, il ne devrait pas y avoir de * pour SUPPRIMER ; ce n'est pas la bonne syntaxe.
Référence :
Le * syntaxe est utilisée en conjonction avec SELECT :