Mysql
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Tuer automatiquement les requêtes longues (MySql), Apache Tomcat DataSource

La meilleure option pour vous est d'attraper les conditions de recherche qui ne peuvent pas être effectuées.

Dans MySQL à partir de 5.7.8, il y a un paramètre max_execution_time .

Vous pouvez également créer un script cron qui vérifie SHOW PROCESSLIST et traitez les requêtes qui sont traitées plus que votre limite de temps.