Je dirais que vous pouvez insérer plusieurs index dans la propriété indexes (mais je n'ai pas eu le temps de le tester) :
indexes={
@ORM\Index(name="index_name", columns={"database_column1","database_column2"}),
@ORM\Index(name="index_name2", columns={"database_column1"}),
@ORM\Index(name="index_name3", columns={"database_column2"})
}
J'espère que cela vous aidera