Tout d'abord, vous devez utiliser des classes pour vos sélections au lieu d'un identifiant. jQuery ne renverra qu'un seul élément lorsque vous utilisez un identifiant. Après cela, la fonction suivante convertira toutes les valeurs des sélections que vous donnez comme paramètre sous forme de tableau.

/**
 * Convert select to array with values
 */    
function serealizeSelects (select)
{
    var array = [];
    select.each(function(){ array.push($(this).val()) });
    return array;
}

Donc :

var course_ids = serealizeSelects($('.course_id'));

Devrait par exemple renvoyer :

[1,3,2]