J'opterais définitivement pour un ORM, du moins si vous travaillez sur un gros projet, pour lequel vous ne voulez pas utiliser mysqli_* ou fonctions/méthodes PDO directement -- Doctrine
étant le plus développé/utilisé, de nos jours (C'est l'ORM par défaut du Framework symfony, et peut être intégré assez facilement dans Zend Framework) .
À propos du E_DEPRECATED erreurs, cependant :PHP 5.3 est assez jeune, et beaucoup de bibliothèques/logiciels/projets n'ont pas encore été adaptés -- vous en aurez probablement beaucoup dans les prochains mois :-(
