Ceci est similaire à la requête de Gordon Linoff, mais sans la sous-requête :
DELETE t1 FROM table t1
JOIN table t2
ON t2.refID = t1.refID
AND t2.ID < t1.ID
Cela utilise une jointure interne pour supprimer uniquement les lignes où il y a une autre ligne avec le même refID mais un ID inférieur.
L'avantage d'éviter une sous-requête est de pouvoir utiliser un index pour la recherche. Cette requête devrait bien fonctionner avec un index multi-colonnes sur refID + ID.
