C'est une question simple avec une réponse très compliquée !
En bref :EC2 fournira des performances maximales si vous optez pour un EBS RAID0. Faire RAID0 EBS nécessite une quantité assez importante de frais généraux de maintenance, par exemple :
http://alestic.com/2009/06/ec2-ebs-raid
http://alestic.com/2009/09/ec2-consistent-snapshot
EC2 sans RAID0 EBS fournira des performances d'E/S merdiques, donc ce n'est même pas vraiment une option.
RDS fournira de très bonnes performances (mais pas maximales) prêtes à l'emploi. La console de gestion est fantastique et il est facile de mettre à niveau les instances. La haute disponibilité et les esclaves en lecture seule sont à portée de clic. C'est VRAIMENT génial.
Réponse courte :optez pour le RDS. Toujours sur la clôture ? Allez avec RDS !!! Si vous aimez les maux de tête et que vous ajustez chaque petit détail pour des performances maximales, vous pouvez envisager EC2 + EBS RAID 0. Vanilla EC2 est une option terrible pour l'hébergement MySQL.