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Quel est le meilleur moyen d'accéder à une base de données depuis PHP ?

Ce que vous recherchez est un modèle relationnel objet (ORM). Il y en a plusieurs différents :

Si un ORM est trop pour votre projet, vous devrez simplement vous rabattre sur une interface de base de données générique telle que PDO et créer manuellement des instructions préparées.