Mysql
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SUPPRIMER D'AVOIR COUNT (*) dans MySQL

Comme indiqué dans le manuel :

Je pense qu'il va falloir effectuer cette opération via une table temporaire :

CREATE TEMPORARY TABLE temp
  SELECT   part_desc
  FROM     ag_master
  GROUP BY part_desc
  HAVING   COUNT(*) > 1000;

DELETE FROM ag_master WHERE part_desc IN (SELECT part_desc FROM temp);

DROP TEMPORARY TABLE temp;