Le comportement par défaut de SQLAlchemy consiste à regrouper les connexions au sein du moteur :
http://www.sqlalchemy.org/docs/core/engines.html
http://www.sqlalchemy.org/docs/core/pooling.html
En ce qui concerne la déconnexion du jour au lendemain, il s'agit d'un comportement MySQL connu, SQLAlchemy fournit l'indicateur pool_recycle pour le contourner. Voici de nombreux liens qui le décrivent :
http://www.sqlalchemy.org/docs/dialects/mysql .html#connection-timeouts
http://www.sqlalchemy.org/docs/core /pooling.html#setting-pool-recycle
http://www.sqlalchemy.org/docs/core/engines .html#sqlalchemy.create_engine (pool_recycle)
http://www.sqlalchemy.org/trac/wiki/FAQ#MySQLserverhasgoneaway
Article de blog d'il y a quelques jours à peine :
http://douglatornell.ca/blog/2012/01/08/ rester en vie/