Pour une table unique, vous pouvez faire quelque chose comme ceci :
ALTER TABLE tab CONVERT TO CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_unicode_ci;
Pour l'ensemble de la base de données, je ne connais pas d'autre méthode que celle-ci :
http://www .commandlinefu.com/commands/view/1575/convert-all-mysql-tables-and-fields-to-utf8