Il s'agit d'une solution purement php qui semble être la solution la plus simple de ce que j'ai réussi à trouver jusqu'à présent.
$result = mysql_query("SHOW FULL PROCESSLIST");
while ($row=mysql_fetch_array($result))
{
$process_id = $row["Id"];
if ($row["Time"] > 200 )
{
$sql="KILL {$process_id}";
mysql_query($sql);
}
}
Et l'exécuter à partir d'un script CRON toutes les 60 secondes.
Si quelqu'un trouve une meilleure solution à ce problème, merci de me le faire savoir