En supposant que vous vouliez un SPATIAL index sur cette colonne :
ALTER TABLE mytable ADD coords Point;
UPDATE mytable
SET coords = Point(lon, lat);
ALTER TABLE mytable MODIFY coords POINT NOT NULL;
CREATE SPATIAL INDEX sx_mytable_coords ON mytable(coords);
Si vous ne le faites pas, vous pouvez omettre les deux dernières étapes.
Mise à jour :
Dans les versions antérieures de MySQL , vous devrez renseigner Point colonnes utilisant WKT :
UPDATE mytable
SET coords = GeomFromText(CONCAT('POINT (', lon, ' ', lat, ')'))