Juste pour ajouter ma configuration au mélange, j'utilise MySQL 5.7.8 qui a les mêmes règles strictes sql_mode par défaut.
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J'ai finalement compris que ce qui suit fonctionnait dans mon /etc/mysql/my.conf :
[mysqld] sql-mode="STRICT_TRANS_TABLES,NO_ENGINE_SUBSTITUTION"
c'est-à-dire un tiret, pas un trait de soulignement et des guillemets autour de la valeur.
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Je n'ai AUCUN autre fichier my.conf autre que /etc/mysql/my.conf
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Certaines configurations supplémentaires sont chargées depuis /etc/mysql/conf.d/ mais elles sont vides.
Et cela semble fonctionner pour moi.