On dirait que vous êtes sous Windows :l'erreur ENFILE indique essentiellement que vous avez trop de fichiers ouverts. Je ne sais pas exactement comment vous le contournez :en général, il se situe quelque part entre 512 et 2048 dans un processus .
Je suggérerais peut-être de déplacer tous les fichiers hors du répertoire de données MySQL et d'essayer de les récupérer un par un.