Voir cette réponse
. Il semble que le pilote MySQL devrait être dans {$TOMCAT]/lib
partagé entre les applications. Vérifiez que vous ne l'incluez pas avec chaque application. Au moins, cela a fonctionné pour moi et j'ai pu supprimer l'avertissement.
Si vous utilisez Maven, marquez la dépendance comme fournie.
MISE À JOUR :
la cause principale est que Tomcat a des problèmes pour ramasser le pilote car il est enregistré dans un singleton commun à plusieurs applications. La fermeture d'une application ne permet pas à Tomcat de libérer le pilote. Voir cette réponse
.