Non.
L'extension MySQL et MySQLi sont des "pilotes" qui s'occupent de la communication entre PHP et le serveur de base de données MySQL ;
ils ne le font pas modifier la plage de commandes SQL que le serveur MySQL comprend.
Donc, tant que la couche d'abstraction de la base de données s'occupe des fonctions PHP à utiliser dans quel but pour vous (et un framework comme CI devrait très certainement le faire), il n'y a rien à craindre en ce qui concerne les requêtes réelles.
