Autant que je sache, il n'y a pas de jointure externe complète dans MySql. Donc, pour faire ce dont vous avez besoin, vous devez obtenir des ID distincts dans la table dérivée et joindre à gauche les tables d'origine :
select ids.id,
ifnull(table1.A, 0) A,
ifnull(table2.B, 0) B,
ifnull(table3.C, 0) C,
ifnull(table1.A, 0) + ifnull(table2.B, 0) - ifnull(table3.C, 0) R
from
(
select id
from table1
union
select id
from table2
union
select id
from table3
) ids
left join table1
on ids.id = table1.id
left join table2
on ids.id = table2.id
left join table3
on ids.id = table3.id
