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MySQL :Grouper par deux colonnes et additionner

Sur la base de votre exemple de tableau, il semble que vous souhaitiez regrouper sur product plutôt que id . Il vous suffit d'ajouter la Size colonne à la fois le SELECT list et le GROUP BY 

$query = "SELECT 
            product,
            Size, 
            SUM(Quantity) AS TotalQuantity 
          FROM inventory
          GROUP BY product, Size";

Notez que j'ai ajouté un alias de colonne TotalQuantity , ce qui vous permettra de récupérer plus facilement la colonne de la ligne récupérée via le plus sensible $row['TotalQuantity'] , plutôt que $row['SUM(Quantity)']