Vous devez utiliser des sous-requêtes :
SELECT x.user,
AVG(x.cnt)
FROM (SELECT user, COUNT(answer) AS cnt
FROM surveyValues
WHERE study='a1'
GROUP BY user) x
GROUP BY x.user
Vous ne pouvez pas envelopper un agrégat avec un autre agrégat. Vous pouvez encapsuler une analyse dans un agrégat, si MySQL prend en charge les fonctions d'analyse/de classement/de fenêtrage...