Le dépôt officiel de PHP a un script appelé
docker-php-ext-install
https://github.com/docker-library/php/tree/master /5.6
Vous avez oublié d'installer l'extension nécessaire pour exécuter le PDO.
Essayez de créer une image docker comme celle-ci :
FROM php:5.6-apache
# PHP extensions
RUN docker-php-ext-install pdo pdo_mysql pdo_pgsql