MySQL supposera que la partie avant le signe égal fait référence aux colonnes nommées dans la clause INSERT INTO, et la deuxième partie fait référence aux colonnes SELECT.
INSERT INTO lee(exp_id, created_by, location, animal, starttime, endtime, entct,
inact, inadur, inadist,
smlct, smldur, smldist,
larct, lardur, lardist,
emptyct, emptydur)
SELECT id, uid, t.location, t.animal, t.starttime, t.endtime, t.entct,
t.inact, t.inadur, t.inadist,
t.smlct, t.smldur, t.smldist,
t.larct, t.lardur, t.lardist,
t.emptyct, t.emptydur
FROM tmp t WHERE uid=x
ON DUPLICATE KEY UPDATE entct=t.entct, inact=t.inact, ...