Mysql
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Le serveur MySQL a disparu - en 60 secondes exactement

L'option php mysql.connect_timeout en est la raison. Il n'est pas seulement utilisé pour le délai de connexion, mais aussi pour attendre la première réponse du serveur. Vous pouvez l'augmenter comme ceci :

ini_set('mysql.connect_timeout', 300);
ini_set('default_socket_timeout', 300);