Les nouvelles versions de MySQL WorkBench ont une option pour modifier des délais d'attente spécifiques.
Pour moi, c'était sous Edition → Préférences → Éditeur SQL → Délai de lecture de la connexion SGBD (en secondes) :600
Changé la valeur à 6000.
De plus, les lignes de limite non cochées, car mettre une limite à chaque fois que je veux rechercher l'ensemble de données devient fastidieux.