Vous avez installé un JRE et non un JDK.
Pour compiler le code natif JNI, vous devez installer un JDK, qui est fourni avec l'en-tête jni.h approprié, ainsi que les en-têtes spécifiques au système d'exploitation.
Lorsque vous faites cela, mettez à jour votre chemin d'inclusion vers
-I <path_to_jdk>/include -I <path_to_jdk>/include/linux