J'ai trouvé une solution de travail pour le problème (au moins cela a fonctionné pour moi avec JDev 12.1.2.0 mais je pense que cela devrait également fonctionner sur 11.x):
Ajoutez la ligne suivante dans le jdk.conf (JDEV_HOME/jdeveloper/ide/bin) et redémarrez JDeveloper :
AddVMOption -Dfile.encoding=UTF-8
