Afin de ne pas réinventer la roue, si vous utilisez Apache Commons Lang, regardez ExceptionUtils.getRootCause().
Est-ce que ça vaut le coup d'inclure une bibliothèque juste pour ça ? Peut être pas. Mais si vous l'avez déjà sur votre classpath, il est là pour vous, et notez qu'il fait certaines choses qu'une implémentation "naïve" pourrait ne pas faire (par exemple, gérer les cycles dans la chaîne de causes... ugh !)
