Vous avez raison, il est déroutant que SQL Server vous permette de créer des index en double sur le ou les mêmes champs. Mais le fait que vous puissiez en créer un autre n'indique pas que l'index PK n'existe pas déjà non plus.
L'index supplémentaire ne sert à rien, mais le seul inconvénient (très petit) est la taille de fichier supplémentaire et la surcharge de création de lignes.