Ce n'est peut-être pas le plus efficace, mais je créerais une table temporaire pour contenir les résultats de la procédure stockée, puis je l'utiliserais dans une jointure avec la table cible. Par exemple :
CREATE TABLE #t (uniqueid int)
INSERT INTO #t EXEC p_YourStoredProc
UPDATE TargetTable
SET a.FlagColumn = 1
FROM TargetTable a JOIN #t b
ON a.uniqueid = b.uniqueid
DROP TABLE #t