Le pilote RODBC semble penser que lorsque SQL Server renvoie un nombre quelconque de lignes, l'intégralité de l'instruction est terminée. Vous devez donc définir nocount on au début de votre instruction ou de la procédure stockée appelée.
set nocount on
Cela m'a permis d'utiliser une procédure stockée qui utilisait une table temporaire dans R.