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Remplir les dates manquantes par groupe

Vous pouvez utiliser data.table de R . En supposant que la colonne 'time' est de classe 'Date',

library(data.table)#v1.9.5+
DT1 <- setDT(df1)[, list(time=seq(min(time), max(time), by ='day')),
                    by =.(shop_id, item_id)]
setkeyv(df1, names(df1)[1:3])[DT1][is.na(value), value:=0]
#   shop_id item_id       time value
#1:     150       1 2015-07-10     3
#2:     150       1 2015-07-11     5
#3:     150       1 2015-07-12     0
#4:     150       1 2015-07-13     2
#5:     150       2 2015-07-10    15
#6:     150       2 2015-07-11     0
#7:     150       2 2015-07-12    12

Dans la version de développement, vous pouvez également le faire sans définir la 'clé'. Les instructions pour installer la version de développement sont here

 df1[DT1, on =c('shop_id', 'item_id', 'time')][is.na(value), value:=0]
 #   shop_id item_id       time value
 #1:     150       1 2015-07-10     3
 #2:     150       1 2015-07-11     5
 #3:     150       1 2015-07-12     0
 #4:     150       1 2015-07-13     2
 #5:     150       2 2015-07-10    15
 #6:     150       2 2015-07-11     0
 #7:     150       2 2015-07-12    12

Ou comme @Arun l'a suggéré, une option plus efficace serait

 DT1[, value := 0L][df1, value := i.value, on = c('shop_id', 'item_id', 'time')]
 DT1