J'ai eu une idée de SQLAlchemy func.count sur la colonne booléenne
.having(func.count(case([(company_map.STATUS, 1)])) < func.count(company_map.C_ID))
Si votre SQLAlchemy est la dernière version, vous pouvez utiliser
.having(func.count(1).filter(company_map.STATUS))
qui est plus propre que l'ancien.