J'ai pu résoudre mon problème en désinstallant puis en réinstallant toutes les bibliothèques (en tant que packages ubuntu), l'interpréteur python, tout le code, en régénérant la base de données (y compris en réinstallant postgis) puis en redémarrant complètement nginx (et donc gunicorn). Cependant, aucune bibliothèque n'a été mise à jour, donc je ne comprends toujours pas ce qui s'est réellement passé.