Soit prétraiter le fichier CSV, soit (ce que je ferais probablement) importer dans une copie temporaire de la table cible et INSERT
uniquement les colonnes sélectionnées dans une seconde étape :
CREATE TEMP TABLE tmp AS SELECT * FROM target_table LIMIT 0;
ALTER TABLE tmp ADD COLUMN etra_column1 text
, ADD COLUMN etra_column2 text; -- add excess columns
COPY tmp FROM '/path/tp/file.csv';
INSERT INTO target_table (col1, col2, col3)
SELECT col1, col2, col3 FROM tmp -- only reelvant columns
WHERE ... -- optional, to also filter rows
Une table temporaire est supprimée automatiquement à la fin de la session. Si le traitement prend plus de temps, utilisez une table normale.