J'ai eu exactement le même problème avec une base de données postgres et une application Django fonctionnant avec docker-compose.
Il s'avère que le Dockerfile de mon application utilisait un point d'entrée dans lequel la commande suivante était exécutée :python manage.py flush qui efface toutes les données de la base de données. Comme cela est exécuté à chaque démarrage du conteneur d'application, il efface toutes les données. Cela n'avait rien à voir avec docker-compose.
