Il existe une option connexe :Restaurer l'environnement . C'est sur par défaut.
Ouvrez le menu contextuel d'une connexion (fermée) et allez dans l'onglet "Avancé". Je cite le manuel de pgAdmin 1.16 ici :
Il ne fixe pas un état particulier pour toujours, mais rouvre là où vous l'avez laissé. Puisque vous êtes au même endroit 99 % du temps, cela devrait très bien fonctionner pour vous.
Votre deuxième problème (le navigateur perd le focus après le changement de DDL) est un bogue de la version actuelle pour autant que je sache.