Il semble que le problème soit que vous avez des chaînes vides dans votre table. Vous devrez les gérer, probablement avec une instruction case, telle que :
execute %{ALTER TABLE "table1" ALTER COLUMN columnB TYPE integer USING CAST(CASE columnB WHEN '' THEN NULL ELSE columnB END AS INTEGER)}
Mise à jour :entièrement réécrite en fonction de la question mise à jour.