Django - La relation de relation n'existe pas. Impossible d'exécuter python manage.py migrate ?

Selon mon commentaire, dans votre situation, vous pourriez exécuter :

python manage.py migrate yourapp --fake

pour "faire semblant" d'appliquer la migration mais sans réellement modifier votre base de données.

Vous pouvez en savoir plus ICI

J'espère que cela vous aidera.