PostgreSQL
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Erreur d'entrée de la clause FROM manquante dans Postgres lors d'une requête avec la clause WITH

Extrait du bon manuel :

Il existe deux façons de modifier une table en utilisant les informations contenues dans d'autres tables de la base de données :en utilisant des sous-sélections ou en spécifiant des tables supplémentaires dans le FROM clause.

Donc, vous avez juste besoin d'une clause FROM :

WITH stops AS (
    -- ...
)
UPDATE consistent.master
SET arrest_id = stops.stop
FROM stops -- <----------------------------- You missed this
WHERE citing_jurisdiction=1
  AND stops.citation_id = consistent.master.citation_id;

Le message d'erreur le dit même :

ERREUR :entrée de la clause FROM manquante pour la table "stops"