À mon humble avis, la solution la plus simple est :
- Dans phpmyadmin, sélectionnez la base de données que vous souhaitez tronquer dans la liste des bases de données (côté gauche)
- Dans la vue principale, faites défiler vers le bas, vous verrez une case à cocher "Tout cocher" et à côté une liste déroulante où vous pouvez sélectionner "Vide". Terminé.