Vous pouvez aussi généralement utiliser le client mysql sur le serveur lui-même. Il a tendance à être mon préféré pour les grandes bases de données importées.
mysql -u user -p -h localhost dbname < import.sql
Ou dans votre cas pour accéder à l'invite de commande (identique à la fenêtre SQL dans phpmyadmin :
mysql -u user -p -h localhost dbname
