Pour ubuntu (j'ai utilisé ubuntu 12.04), la configuration apache par défaut de phpmyadmin se trouve dans /etc/phpmyadmin/apache.conf
Vous pouvez l'ouvrir en tapant sudo nano /etc/phpmyadmin/apache.conf
et changer le troisième
Alias /yournewalias /usr/share/phpmyadmin
N'oubliez pas de redémarrer le service apache,
sudo service apache2 restart